補鐵藥物服用后可能會有副作用，最常見的副作用是胃腸道反應，如部分人服用補鐵藥物后，會出現惡心、腹痛、便秘、腹瀉的情況，偶爾有人覺得有明顯金屬味，服藥后會出現大便發黑的情況。 上述癥狀都較輕，可以忍受。補鐵藥物還可以與飯一起服用，或增大服藥間隔，如隔日服藥，以減輕副作用。 若補鐵藥物的副作用都不能耐受，可能需要靜脈補鐵治療。靜脈補鐵偶爾會出現嚴重過敏反應，通常較少用靜脈補鐵治療，只有口服嚴重不能耐受，或口服不能吸收的情況下，才靜脈補鐵治療。 靜脈補鐵通常需要住院治療，因此能口服治療的患者，盡量口服給藥。口服給藥副作用并不大，基本上都可以耐受，若副作用大，可以換用其他類型的鐵劑，每個人對于不同鐵劑的反應不同，找到一種適合自己的鐵劑治療即可。