腦干為大腦中樞，所有神經系統都要經過腦主干，控制支配外周神經。腦主干出血后遺癥主要取決于出血量大小、出血部位，以及脫水降顱壓處理是否及時。如果腦主干出血量小、出血部位不重要，后遺癥就會很少，恢復比較快。 如果腦主干出血量較大，且出血部位比較重要，患者可能會表現為偏癱、失語、吞咽障礙。如果腦主干出血特別多，對周圍生命中樞產生擠壓作用，即心跳、呼吸、循環系統、體溫系統受到擠壓，患者可立即出現昏迷。對于腦主干出血患者應及時手術治療，術后盡早進行康復治療，部分患者可以蘇醒，但可能會留下肢體功能障礙，后續還需經過醫院、家庭、社區一系列康復治療。