生理性囊腫主要有兩個特點，一個是形態學有特征性，另一個是隨著時間延長自然消退。生理性囊腫通常是單純的囊性，囊內沒有乳頭且囊壁比較薄，囊腫周圍比較光滑，可以活動。在內診時，囊腫觸感也較光滑，能夠活動且沒有粘連。生理性囊腫是在月經周期當中出現的一種生理狀況，隨著時間延長，通常都會自行消退。如果發現卵巢有囊腫，考慮是生理性囊腫，通常給予靜態觀察，大部分的生理性囊腫在2-3個月以后，都會自然消退。如果囊腫長時間存在，就要考慮是病理性囊腫，則需要手術處理。