生理性卵巢囊腫指的是卵巢在生理周期時發生卵泡過大或者黃體過大所引起，沒有特別的臨床癥狀，通常是患者在檢查的過程中發現，經過超聲檢測。原因主要是下丘腦-垂體--卵巢軸的調節功能紊亂造成，比如卵泡從發育到成熟到排卵，甚至到后面黃體期萎縮，調節軸正常不存在黃體增大，或者卵泡發育過大沒有排出來的現象。 應該區別卵巢囊腫的來源，卵巢囊腫有生理性，也有病理性。激素調節功能有問題，卵巢軸調節有問題才會有生理性的囊腫。生理性月經干凈之后再復查會消失，病理性的月經干凈之后復查沒有消失，可以運用短效的避孕藥口服三個月，短效避孕藥會抑制囊腫生長，吃藥后再復查囊腫會消失。若還沒有消失，而且長得比較快或者逐漸長大，可以定義為病理性卵巢囊腫。