生理性卵巢囊腫是生理過程，激素調控正常，月經之后就會立即消失。月經干凈之后3-5天查超聲檢測，若囊腫還存在，運用激素藥物抑制卵巢囊腫的生長，三個月以后卵巢囊腫生長抑制，再復查已經消失，就是生理性。但消失時間的長短不一定，而且關鍵是同病理性的要相鑒別。 女性的月經周期或者卵巢的生理周期，受到大腦里下丘腦-垂體-卵巢生殖軸來調節，生殖軸不管是下丘腦、垂體還是卵巢，任何一個部位、一個功能發生紊亂，月經周期或者囊腫都會有一定的發生，排卵也是如此。女性朋友月經周期也受生活的影響，經常熬夜規律肯定是要受到打亂，不管是心理上的還是生活上、身體上的壓力，都會影響卵巢軸的正常調節。若卵巢軸沒有正常調節或達到紊亂，不僅會出現生理性囊腫，而且月經失調也比較多。