扁桃體結石位置通常都位于扁桃體上，張大嘴巴，舌體較高時用壓舌板將舌頭壓下，一般可以暴露兩側扁桃體而不需要刻意去找。如果存在結石，可發現隱窩口以及扁桃體表面有黃白色顆粒樣物，通常較難取下。若硬行取下，可在扁桃體黏膜上留下瘡面，甚至少量滲血。很多人可能以為自己有扁桃體結石，但實際上并不一定是扁桃體結石。通常只是扁桃體隱窩內分泌物，混合飯渣存留在扁桃體內形成的顆粒樣物，屬于慢性扁桃體炎表現。扁桃體結石隨著時間推移，慢慢被排出或喝水漱口時被沖洗掉，結石比較固定并且存留時間較久也是慢性炎癥表現。