做無痛胃鏡時，同時承擔胃鏡以及麻醉的風險，為二者風險的疊加，總體而言，無痛胃鏡較為安全。做胃鏡檢查需要經過內鏡醫生的評估，確保病人沒有胃鏡檢查的明確禁忌癥。做無痛內鏡也需要經過麻醉醫生的評估，確保病人能夠耐受麻醉，不至于引起太大的風險，風險太大時，則不建議做無痛胃鏡。做無痛胃鏡時，不是一點風險都沒有，相對而言，承擔了麻醉加胃鏡二者的風險，比如胃鏡檢查可出現咽喉部的擦傷，但單純做胃鏡檢查，相對風險較低。胃鏡檢查下對病變的部位取活檢，可引起出血，而做胃鏡下治療相對風險更高，比如出血、穿孔、感染等風險。做麻醉時的風險主要是引起麻醉相關的并發癥，比如麻醉劑過敏，在麻醉的情況下，存在胃內潴留，比如液體或者食物潴留，增加反流誤吸的風險。