目前磁共振檢查幾乎可檢查所有部位。國外一篇文獻報道磁共振直接觀看皮膚癌，可將皮膚幾層結構看清。但不是任何部位均需進行磁共振檢查，磁共振檢查較有優勢的地方為顱腦。腦磁共振提供的診斷，解剖，病理信息最為豐富、最有價值。 目前情況下，腦部其它任何檢查方法均無法超過磁共振。而國外目前主張，如果懷疑肝癌、懷疑肝內有病變，應做肝臟磁共振檢查，因其優勢特別明顯。但對于前列腺、子宮附件、腎臟、胰腺檢查，超聲有超聲的優勢，CT有CT的優勢，磁共振有磁共振的優勢。且在超聲、CT、磁共振相互之間提供的信息有一定互補性。在通常情況下，患者首先選擇最簡單、最省錢的辦法，如超聲先篩查有無病變，篩查有病變后，再進行CT平掃加增強，或磁共振平掃加增強，才可更精準地提供更有針對性的信息。