CT在醫學方面的應用非常廣泛，其最大優點為密度分辨率高，相對于普通X線檢查而言，其可以將組織結構更清晰地顯示出來，能夠區分出不同組織結構，而且能夠減少因重疊而造成的容積效應，可以更好地顯示普通X線射線不能顯示的一些細節。人體所有的部位，從頭顱、頸部、胸腹部、盆腔和四肢關節都可用CT來進行檢查，甚至顱內垂體、耳蝸等一些細小組織器官都可用薄層CT掃描。 但做CT檢查時，要求患者保持靜止不動，做胸部和腹部掃描時甚至需要患者憋住氣，避免呼吸運動所導致的運動偽影。對于嬰幼兒、兒童以及躁動不安的患者，通常等患者入睡后再進行檢查，必要時還要使用鎮靜劑幫助患者入睡。而人體心臟由于搏動較快，運動偽影較多，之前不可用CT進行檢查。但隨著多層CT和雙源CT的發展和應用，CT機的掃描層厚越來越薄，掃描速度也越來越快，在一個心動周期內就可完成心臟冠脈的掃描。故只要患者能夠在較短一段時間內保持靜止不動，全身所有部位和器官都可通過CT進行檢查。