腦炎發生在人的大腦，而大腦又是人的中樞神經系統最高的司令部，因此腦部炎癥會產生嚴重的后果。急性期患者會發生高熱驚厥、癲癇、意識障礙，甚至由于并發癥而在急性期危及生命。即使安全的度過急性期，患者也可能會遺留有嚴重的功能損失，比如認知功能障礙以及神經功能的下降，長期存在的癲癇這些情況。因此不管什么病因，無論是病毒性感染還是細菌性感染、霉菌性感染，也有自身免疫性腦炎，都會對病人造成嚴重的后果，因此及時就診非常重要。