腦炎通過了解病史、體格檢查、確認頸部情況等做初步診斷，同時進一步做磁共振、CT，磁共振需要做增強，增強可發現普通磁共振、CT發現不了的病變，腦膜、顱內病灶有強化，代表血腦屏障已有破壞，可能患腦炎，腰穿即腰椎穿刺術是診斷腦炎的金標準，根據腦脊液的改變，甚至腦脊液發現病原菌、微生物，做出最準確的診斷，不同的病因使用不同的藥物，以取得較好的臨床療效。