維生素B6主要用于預防和治療維生素B6缺乏癥，如脂溢性皮炎、唇干裂，減輕妊娠、抗癌藥物和放療引起的嘔吐，治療嬰兒驚厥，或給孕婦服用來預防嬰兒的驚厥，可以治療白細胞減少癥。維生素B6在紅細胞內可以轉化為磷酸吡哆醛，對蛋白質、糖類、脂類代謝起著很重要的作用。 長時間服用異煙肼，也易引起周圍神經炎、失眠不安，這癥狀也可以用維生素B6來治療。還有全胃腸外營養以及攝入不足導致的營養不良，進行性體重下降的時候，可以進行維生素B6的補充。需要注意的是維生素B6雖然是比較安全的藥品，但每天服用劑量比較大，如服用了200mg以上，而且持續時間比較長，也有報道可以產生維生素B6依賴綜合征。