先天性心臟病部分患者有自愈的可能，比如動脈導管未閉。胎兒通過動脈導管供血給全身、下肢，動脈導管通常在患兒出生時就會功能性關閉，有些患兒由于各種原因，比如肺部病變、感染，或者動脈導管不能夠及時關閉。觀察三個月之后，如果動脈導管不能關閉，一般就不能夠再閉合，以后可能需要接受治療。 對于房間隔缺損，也有自愈的可能，取決于具體類型，繼發孔型房間隔缺損可以自愈。如果超過一歲的房間隔缺損患兒還未自愈，大部分不能自愈。膜周部室間隔缺損或者肌部小室間隔缺損依然有自愈可能，80%-90%都發生在一歲之內，患兒如果超過1-2歲，一般很少有自愈的可能。