二甲雙胍對肝、腎基本沒有影響。但二甲雙胍經過腎臟排泄，基礎腎功能不佳時，會用GFR，即腎小球濾過率進行判斷。GFR≥45ml/min時，二甲雙胍的使用不受限制；GFR＜45ml/min時，不推薦使用二甲雙胍；如果≥60ml/min，可以放心使用，不受限制。若患者做造影時，需停用二甲雙胍，因為造影劑經腎臟排泄，此時不停藥會使兩者的排泄均受到影響。二甲雙胍也不傷肝，但如果患者有基礎性肝病，比如病毒性肝病、自身免疫性肝病時，不推薦使用二甲雙胍，因為肝病會影響二甲雙胍的代謝，并不是二甲雙胍本身會傷肝。如果是單純脂肪肝造成的轉氨酶升高，則可以使用二甲雙胍，因為它可以抑制肝臟糖異生，從而減輕體重，對于治療脂肪肝有一定好處。