通常病毒性腦炎急性期治療周期在三周。在確診病毒性腦炎后，應積進行抗病毒藥物的治療，首選無環鳥苷。病毒性腦炎多數為單純皰疹病毒感染引起，無環鳥苷有比較好的治療作用和效果，應早期、足量、全程使用，治療周期為三周左右。針對于急性期病毒性腦炎的患者，除抗病毒藥物治療外，還需加入脫水、降顱壓、改善腦水腫的藥物，如甘露醇。針對患者其他的合并癥，如不同程度的癲癇、抽搐，需要加入抗癲癇藥物進行治療。部分患者伴有不同程度的意識障礙，可以加用抗感染藥物，包括霧化吸痰，霧化氣道的藥物進行治療。在急性期治療后，恢復期時，需要進行肢體的康復、復健等，此時治療周期相對較長，通常在發病后半年之內。