腦炎整個治療療程與感染部位、感染病原體以及有無并發癥密切相關。一般病毒性腦炎治療至少需要1-2周，重癥病毒性腦炎，如單純皰疹病毒性腦炎，治療時間至少為3周，化膿性腦膜炎以及所有細菌性腦膜炎均應該堅持足療程抗菌藥物治療。根據感染菌種不同，腦膜炎奈瑟菌治療至少是7天，肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌至少是10-14天，金黃色葡萄球菌至少是14天，大腸埃希菌、李斯特菌治療至少是3周。 當病原菌不明確時，需要結合臨床療效，建議至少進行2周的治療。如果存在有其它部位病灶，即腦外病灶，或合并并發癥，需根據具體情況決定是否需要延長抗菌藥物治療的時間。其他感染如隱球菌腦膜炎，即真菌性腦膜炎，治療一般是1-3個月，結核性腦膜炎至少是0.5-1年。因此，腦炎患者住院時間、治療療程與患兒個體情況相關。