腳趾根部疼痛的原因較多，包括關節問題、軟組織問題、代謝問題等，具體如下：1、關節問題：拇趾、掌趾關節出問題，如關節增生、退變產生腳趾根部疼痛，此關節出問題可引起腳趾根部疼痛；2、軟組織問題：如足底跟墊炎，可造成腳底疼痛，甚至腳趾根部疼痛；3、代謝問題：如痛風，發作時痛風石在掌趾關節部位沉積，引發局部組織炎癥，導致腳趾根部疼痛；4、風濕問題：風濕造成腳趾關節發炎，引起根部疼痛。