在進行電子結腸鏡之前，首先要進行腸道準備，腸道準備是否徹底直接影響到電子結腸鏡的觀察。對于正常排便的病人，可以一次性進行清潔，通過口服瀉藥進行處理。如果是有患有慢性便秘的病人，則需要至少分2-3次進行自上而下的腸道清潔，否則大量的糞液儲存在腸道內腔之中，會嚴重影響內鏡下的觀察，甚至影響內鏡的通過，遺漏病變，這是術前準備的非常重要的一點。 對于存在大便性狀改變的，或者有便血、慢性便秘、腹部不適、突然出現消瘦這種病人，都需要進行結腸鏡檢查。如果既往存在結腸息肉病史的人或者是家族中直系親屬存在患結直腸癌的病人，都需要及時進行結腸鏡檢查，以防這種息肉存在，越長越大，最終發生癌變。