龜頭內輕微疼痛可能與諸多因素有關，常見原因如下：1、龜頭炎：龜頭內輕微疼痛常見于淺表性、潰瘍性龜頭炎，由于淺表性龜頭炎刺激龜頭表面，導致黏膜表面出現糜爛、破損情況，造成龜頭局部疼痛；2、尿道炎：可能出現尿道外口炎癥，導致黏膜破損，進而出現局部疼痛癥狀；3、尿道結石：結石排出時會劃破尿道黏膜，導致龜頭處尿道黏膜破損進而出現疼痛，通常患者可伴有肉眼血尿或鏡下血尿等情況。當患者出現上述癥狀時，應及時到泌尿外科就醫，通過局部檢查明確是否存在淺表性龜頭炎、潰瘍性龜頭炎或龜頭處結石，若為結石引起的疼痛，還應進行取石治療。