艾灸和針刺各有各的特長，適應證、擅長主治范圍各不一樣。艾灸主要用于陽虛或者寒濕的患者，對陽虛、寒濕的患者，艾灸效果比針刺效果好。如寒濕引起痛經，艾灸效果會更加明顯。還有腎陽虛引起的陽痿、早泄，可以用艾灸，效果也比針刺效果好。艾灸經常用于保健治療，如長期胃虛寒、腎陽不足。還有容易感冒、容易反復發熱、咳嗽、老慢支，這些慢性疾病是陽氣不足引起，可以進行進行艾灸保健治療，效果比針刺效果要好。針刺有治療范圍，主要疏通經絡、調節氣血、平衡陰陽，所以針刺的治療范圍更廣。可以用于神經系統損傷和神經痛，像周圍神經損傷、面癱、耳鳴、耳聾，像橈神經損傷是格林-巴利，這些周圍神經損傷、中樞神經損傷、偏癱、截癱都可以用針刺進行治療。