牙根發黑想自己清除，可以使用以下的方法：1、巴氏刷牙法：建議使用巴氏刷牙法刷牙，使用巴氏刷牙法可以充分將牙根的部位進行較好的刷洗，反復、規律的刷洗可以盡量的將牙根的菌斑、牙結石及食物嵌塞、色素沉著等，這些可能會導致牙根發黑的問題進行自己清除；2、其他：牙根發黑還可以通過漱口液的漱口、外用的沖洗藥物，進行自行清除。如果通過上述方法還是不能清除牙根發黑的問題，建議患者盡早到正規醫院的口腔科，或者是口腔醫院的牙體牙髓病科以及牙周病科，找專業的口腔科醫生進行仔細的檢查，根據導致牙根發黑的病因給予及時的處理。如果是由于齲病所導致，應該去齲、沖洗、消毒、隔濕、吹干以后進行充填修復。如果是由于菌斑、牙結石引起，應該進行齦上潔治和齦下刮治的治療。