腹部CT和核磁共振兩種檢查技術成像原理不同，CT是利用X線對人體某部位進行斷層掃描成像，磁共振是利用人體內氫質子含量不同，進行多方位、多序列成像。兩種檢查技術成像原理不同，在腹部應用不完全一致，各有優勢，可以實現優勢互補，例如CT在肝、胰、脾、腎實質臟器疾病診斷和鑒別診斷中起主導作用。 腹膜后占位性病變、腹膜后淋巴結或膽道神經類疾病診斷，核磁共振優于CT檢查，尤其是在膽道占位性病變、膽道結石，例如膽囊結石、膽總管結石診斷方面，可以通過磁共振水成像，清楚觀察到膽結石所在部位引起的膽系擴張程度。由于膽石中鈣含量較低，CT不一定顯影，核磁共振水成像能夠清楚得以顯示，使診斷更加明確，避免漏診。