尿結石根據結石不同部位，疼痛區域也不相同。大多數情況是以腰背部或腰肋區的小腹部疼痛為主。膀胱和尿道結石，主要表現為下腹部疼痛。膀胱結石疼痛隨體位改變而變化，因為膀胱是球形，當結石沒有嵌頓在三角區后尿道時不會疼痛。而當漏斗狀的膀胱結石恰好嵌頓在漏斗出口處時則會產生向龜頭、尿道放射的強烈刺痛感。 尿路結石可生長在腎臟內，如輸尿管上段、中段、下段，也可以在膀胱生長。結石的部位不同，所產生的疼痛位置不相同。最常見的比如輸尿管結石和腎臟結石，疼痛位置在腰腹部、腰背部或腰肋部區域；如果是膀胱結石，在膀胱出口和尿道交界處嵌頓，表現為下腹部疼痛；對于部分患者會引起睪丸疼痛，因為輸尿管下段結石，平滑肌和三角區聯系在一起，延續到三角區和前列腺位置。所以當輸尿管末端結石嵌頓，可放射到睪丸陰囊處疼痛。