甲硝唑和奧硝唑都屬于硝基咪唑類的抗菌藥物，抗菌機制基本相同，抗菌譜也基本相似，主要對厭氧菌和滴蟲具有一定抗菌和殺滅作用，但是也存在差異，具體如下：1、版本不同：甲硝唑屬于第一代的硝基咪唑類抗菌藥物，奧硝唑屬于第三代硝基咪唑類抗菌藥物；2、藥理學作用：甲硝唑和奧硝唑相比，奧硝唑的抗菌作用更強，奧硝唑抗菌作用的時間也比甲硝唑要長，因此奧硝唑做比甲硝唑具有更好的抗菌作用；3、不良反應：甲硝唑主要的不良反應是胃腸道反應，奧硝唑雖然也會有胃腸道反應，但是不良反應通常比甲硝唑輕，而且發生率也有所降低。甲硝唑和奧硝唑屬于同一類的抗菌藥物，奧硝唑的抗菌作用相對比甲硝唑要強，不良反應也比甲硝唑要輕。