皰疹性咽峽炎由腸道病毒感染引起，常見于柯薩奇病毒感染，或腸道病毒71型(EV71病毒)感染所致。皰疹性咽峽炎的治療主要是以口服抗病毒藥物和對癥治療為主，如果感染的癥狀較重，可以進行輸液治療，常用藥物有以下三種：1、利巴韋林：是一種廣譜的抗病毒藥物，對DNA病毒或RNA病毒都有一定的治療效果，但由于利巴韋林副作用相對較大，能夠引起血細胞減少，嚴重者可以導致溶血性貧血，因此兒童很少應用此類藥物。不建議兒童靜脈使用利巴韋林，口服劑型副作用也相對較大，臨床上多用局部噴利巴韋林噴劑；2、阿昔洛韋或更昔洛韋：這兩種抗病毒藥物主要針對于皰疹病毒，對皰疹性咽峽炎的治療效果較好，但也有一定的副作用，例如可以引起白細胞下降或血小板減少，所以通常不建議輕癥患者靜脈使用此類抗病毒藥物，可以口服或局部外用軟膏、噴劑；3、干擾素：干擾素的輸液方式主要是皮下或肌肉注射，也有一定的副作用，可以引起骨髓抑制。