泮托拉唑的副作用包括加重肺部感染、引起骨質疏松、加重胃黏膜萎縮、引起胃息肉發生、誘發胃癌等。但泮托拉唑如果在短期內服用，并無較多的副作用，患者可以放心服用。同時泮托拉唑屬于質子泵抑制劑，目前質子泵抑制劑的藥物還包括蘭索拉唑、雷貝拉唑、埃索美拉唑、艾普拉唑等，上述藥物的副作用相似。若老年人長時間服用質子泵抑制劑，可能會加重肺部感染，甚至危及生命。另外，對于長期服用質子泵抑制劑的患者，可以產生息肉、胃息肉，甚至誘發胃癌，所以需要規范服用。通常患者應用質子泵抑制劑時，需要在消化內科醫生的指導下正確服用，避免產生副作用，否則可能出現不可逆轉的情況。