泮托拉唑是質子泵抑制劑，主要是抑制胃酸分泌。在發揮治療作用的同時，還可能會帶來副作用。但是副作用尤其是嚴重的副作用，在上市后的報道上比較罕見。參考泮托拉唑的注射用藥，比較嚴重的副作用主要是肝細胞損傷、肝細胞功能衰竭及黃疸。還可能會出現皮膚或皮下組織的問題，嚴重時也可能致死。除此以外，尚未發現比較嚴重的毒副作用的報道。但只是參考其注射劑型，因為注射劑型的安全性比口服劑型差。所以注射用泮托拉唑的嚴重副作用，可能發生率高于口服劑型。副作用的發生與口服劑量或用藥劑量、使用時間相關，用量越大，使用時間越長，發生副作用的可能性就越大，癥狀可能越重。在使用泮托拉唑時，一定要按照醫生指導用藥。如果涉及長期用藥，要在定期復查、復診的基礎上，由醫生決定或由檢測結果，經過醫生判斷決定是否適合繼續使用。