鹽酸小檗堿片主要是可以用于治療胃腸道感染，此藥一般沒有明顯的副作用，即使出現偶爾的副作用，癥狀通常也較輕，而且大多數是一過性，多數患者可以耐受。部分患者可能會出現惡心、嘔吐等相關癥狀，個別患者還有可能會出現皮疹等過敏情況，也有可能導致患者出現藥物熱。一般而言，鹽酸小檗堿片的不良反應的發生率很低。但是在使用時需要注意，如果患者有溶血性貧血，不建議使用此藥。另外，對于妊娠期前3個月的孕婦，也不推薦使用此藥。除此之外，鹽酸小檗堿片可能和含有鞣質的中藥發生藥物相互作用，有可能會形成不溶性的沉淀，從而會影響藥物治療效果。因此在使用鹽酸小檗堿片時，應該特別注意，如果使用其他的中藥一定要小心，最好能夠咨詢醫生或者藥師是否存在藥物相互作用。