鹽酸小檗堿主要用于胃腸道感染，鹽酸小檗堿并沒有嚴格規定是飯前吃，還是飯后吃。如果患者可以耐受，飯前吃或飯后吃均可。有些患者在飯前服用，可能會出現胃腸道反應，比如惡心、嘔吐、食欲減退，以及其他胃腸道不耐受反應，此時建議患者飯后服用，可以在一定程度上減少藥物對胃腸道的刺激。鹽酸小檗堿屬于生物堿類藥物，具有抗菌的功效，雖然對病原菌的抗菌作用比較微弱，但是相對而言，對腸道感染的病原菌具有比較好的抗菌活性。因此在臨床上，鹽酸小檗堿主要用于急性胃腸炎等胃腸道感染性疾病。注意此藥在妊娠前三個月不推薦使用。除此之外，鹽酸小檗堿與含有鞣質的中藥同時使用，有可能會影響藥物的吸收，因此也不建議同時服用。