鹽酸小檗堿和黃連素，是同一物質的兩種不同名稱，是一種較重要的生物堿，也是我國應用較久的一味中藥，從黃連、黃柏、三棵針中提取出。黃連素有較明顯的抑菌作用，能夠對抗病原微生物，對抗多種細菌，比如痢疾桿菌、結核桿菌、肺炎球菌等，對痢疾桿菌的抑菌效果最強，最常用來治療細菌性腸炎、痢疾等消化道系統疾病。臨床可以見到鹽酸小檗堿的口服制劑，用于治療腸道感染、胃腸炎 ，如腹瀉、拉肚子的癥狀。口服不良反應比較少，偶爾可以見到惡心、嘔吐、食欲不振的胃腸道不適癥狀，停藥后不適癥狀會消失。