懷孕40天小腹隱隱作痛，常見以下幾種原因：1、先兆流產：先兆流產在妊娠早期比較常見，有不少女性在懷孕早期都會出現下腹部隱痛，或者伴有陰道少量出血的現象。通過超聲檢查確認是宮內懷孕，排除宮外孕后，可診斷為先兆流產。先兆流產一經診斷，建議給予保胎治療，可通過適當臥床休息、給予口服或者肌肉注射黃體酮，或口服地屈孕酮。進行保胎治療以后，大多數先兆流產癥狀會逐漸緩解，直到最后消失。所以通常母兒預后較好，無不良妊娠結局。但當陰道出血持續存在，經過保胎治療2周以上仍不能緩解，或者出血量增多伴有腹痛的癥狀，有可能導致自然流產或者胚胎停育，需要給予超聲密切觀察、隨訪；2、宮外孕：宮外孕早期會在一側下腹部出現隱痛現象，同時伴有陰道少量出血。宮外孕一旦破裂，則會導致一側下腹部撕裂樣劇痛，同時腹腔內出血，引起失血性休克較危險。