CT檢查可以區分多囊腎和多發性腎囊腫，超聲檢查的分辨率有限，無法看清多囊腎和多發性腎囊腫。腎臟CT的分辨率達到1mm以上，可以發現較小的囊泡，分辨多囊腎和多發性腎囊腫。多囊腎的特點是大小不一的囊泡，滿布在腎臟中，會導致腎臟體積增大。如果CT上發現小囊泡，通常為多囊腎。CT或核磁共振檢查無法幫助判斷時，可以詢問病人是否有家族史，通過基因檢查幫助判斷。