肚臍兩側疼痛常見原因有以下幾點：1、腸道異常：如小腸功能不全、腸道炎癥、不完全性或完全性腸道梗阻等，均可以導致肚臍兩側疼痛；2、輸尿管結石：肚臍兩側偏腹直肌外緣有輸尿管，但同時出現疼痛較為少見，而輸尿管結石會出現劇烈疼痛，較難忍受，同時伴有惡心、嘔吐，甚至發熱、腰痛，一般病情急劇發展，可能出現血尿；3、胃腸功能紊亂：如果為隱痛，則與胃腸功能紊亂有關，可適當吃益生菌調節腸道菌群，改善胃腸動力；4、其他：如果反復疼痛可進行CT檢查明確有無器質性病變，結合排便習慣，如果是腹痛、腹瀉，甚至黏液膿血便或反復腹痛，應考慮炎癥性腸病，包括克羅恩病，以及潰瘍性結腸炎等。