男性小腹兩側隱隱作痛的原因，可能有以下幾點：1、小腹兩側器官疾病：常見于結腸和直腸病變，由于結腸和直腸廣泛分布于腹腔內，小腹兩側也會有，常見疾病為潰瘍性結腸炎。由于潰瘍性結腸炎可以發生于直腸、乙狀結腸、降結腸、橫結腸、升結腸，這時可能有小腹兩側隱隱作痛感。這種情況一般需要進行結腸鏡檢查，觀察是否存在結腸炎的表現；2、自主神經功能紊亂：可引起腸功能紊亂，從而導致腹部的隱隱作痛。這種情況，一般需要在排除器質性疾病后，給予糾正腸功能紊亂的藥物，以及補充益生菌。一般經過1個月的治療，癥狀可以得到緩解；3、小腸病變：小腸廣泛分布于腹腔內，可存在彌漫性病變，如小腸的腸結核、克羅恩病，以及其他特異炎癥，或非特異炎癥時，也有可能會引起小腹兩側的疼痛。這種情況下，一般可以進行消化道造影，或小腸鏡的檢查，以便明確診斷。