囊腫可以長在身體的各個部位，常見的內臟囊腫是肝臟囊腫和腎臟囊腫，上述臟器最容易長囊腫。囊腫本身是水泡，肝囊腫長大時可能會有腫脹感。腎是腹膜后器官，如果是較大的囊腫，水泡長大后可以壓迫周圍組織器官，有腫脹感，可以用藥物，也可以手術切除，或者將囊液抽吸干凈后注射化學藥物，讓囊壁形成粘連性萎縮。其它地方也可能會長囊腫，比如腹膜后囊腫，常見于直腸后骶前間隙囊腫，稱為骶前囊腫，可能為成熟畸胎瘤，女性卵巢也容易長囊腫。任何皮下組織均可能會長囊腫，比如皮脂腺囊腫、汗腺囊腫等。