真菌性腦膜炎往往是亞急性起病，也可是慢性起病，2周以上就會出現典型的腦膜炎癥狀，如頭痛、惡心、視物模糊等，甚至于出現癲癇、抽搐表現。根據真菌的致病性不同，其臨床表現也輕緩不同。如較常見的隱球菌腦膜炎導致的癥狀相對較輕，經過正規治療，大部分患者都可徹底治愈。但是曲霉菌引起的顱內病變，其病情進展較快，抗曲霉菌治療的藥物，如棘白菌素類、伏立康唑，這些藥物都可起到較好療效。