真菌性腦膜炎的治療方法如下： 1、首選抗真菌藥物：目前常用的有兩性霉素B、兩性霉素B脂質體，除此還有三唑類藥物，如一代的氟康唑、咪康唑和伊曲康唑，二代的伏利康唑。但所有抗真菌藥物的副作用均比較大，可能會導致高熱、頭痛、惡心、嘔吐、貧血、肝腎功能不好等問題，所以在整個治療過程當中，需要監測血常規、肝腎功能及神經功能狀況，尤其是兩性霉素B，在應用的時候要注意以上情況； 2、抗腦水腫的治療：因為真菌性腦膜炎的患者往往顱內壓力較高，此時應選用脫水劑，如甘露醇、速尿進行脫水治療，防止顱內高壓的繼續擴展或者增強； 3、營養支持的治療：包括蛋白或者營養物質的攝入，給予營養支持； 4、對并發癥的防治：因為真菌性腦膜腦炎患者的病情較重，長期臥床不起，可能會繼發二重感染，包括肺部感染、泌尿系感染，或者免疫力低下后繼發二重感染，包括結核、弓體蟲等，所以要進行相應的預防； 5、免疫增強治療：選用日達仙類的免疫增強藥物進行治療； 6、遠期康復治療：包括肢體康復治療、精神狀態和心理的康復治療。