肛瘺主要在肛門周圍，分高位和低位。如果是高位肛瘺，在直腸深間隙、直腸后深間隙和坐骨直腸間隙、骨盆直腸間隙，即肛門周圍深部。 如果是低位肛瘺，比較表淺，可能在皮下或在淺括約肌間走行。有的肛瘺比較長，有的肛瘺比較短，短的外口距肛門可能1-2cm，長的肛瘺外口距肛門可達到10cm，甚至20cm。另外，還有直肛瘺和彎曲肛瘺之分，例如肛瘺外口在右側，但內口在肛門后側，屬于馬蹄形肛瘺。肛瘺位置主要以肛門為中心，環繞著肛門，在四周分布。