臨床上部分橋本氏病患者甲亢和甲減可交替出現，最終造成甲減，治療的時間延長。其中腺體被破壞嚴重的部分橋本氏甲減患者無法根治，需要長期使用藥物進行替代治療。 橋本甲狀腺炎是病毒和炎癥引起的自身免疫相關性疾病。疾病早期病毒和炎癥對甲狀腺腺體破壞較輕，有時可自愈。如橋本氏病反復發作，即使病情不重，但是甲狀腺腺體被永久破壞或者反復破壞，當被破壞的甲狀腺腺體達到一定程度后，有可能出現永久性的甲狀腺功能減退。