角膜內皮細胞的數量通常無法增加，目前只能通過角膜內皮細胞移植改變數量。目前的治療方法是在角膜內皮細胞失代償后，進行角膜內皮移植。臨床經常可以通過藥物，恢復部分角膜內皮細胞的功能，如堿性成纖維細胞生長因子或自體血清等眼表修復劑，通過上皮愈合減輕角膜內皮細胞的負荷。角膜內細胞的自身修復主要靠自身的移行和擴張，即角膜內皮細胞由六邊形變成五邊形、四邊形，邊數越少，細胞則越腫脹、越圓，同時通過周邊角膜內皮細胞，移行到有病變的部位。內皮細胞有重要功能，可以維持著角膜的通透性。因為角膜內皮細胞有重要的離子泵，稱為鈉鉀離子泵，可以使角膜組織內過多的水分排出到角膜組織外。當角膜內細胞數量過少無法完成此功能時，角膜可能發生嚴重水腫。