頭疼艾灸的部位要進行辨證論治，不能一概而論，一般有以下幾種選擇：1、巔頂疼：巔頂疼即厥陰頭痛，這時可灸百會穴和風府穴。百會穴位于巔頂處，是人體最上端陽氣集中生發的地方，可以灸百會穴治療厥陰頭痛。風府穴是督脈上的穴位，很多頭痛是風從風府進到腦內引起的；2、其他：而感冒引起的全頭痛，一般灸風池穴為多。頭痛通常由頭風、外感風邪引起，可以灸風池。前額頭痛可以灸陽白穴和印堂穴，這是局部取穴。側頭疼即太陽穴疼以及顳部的頭疼，這時艾灸可能效果不太理想，因為少陽頭疼大部分是由于熱證引起，一般不應用灸法，可能會用點刺放血療法進行治療。