孩子龜頭疼痛的原因如下：1、感染：排除外傷和蚊蟲叮咬，一般都是感染因素，大多由急性龜頭炎造成，可盡早地做包皮環切手術；2、外傷、蚊蟲叮咬：比較少見，都可造成其龜頭疼痛；3、喝水少：如果孩子偶爾發作，可能跟天氣炎熱、其飲水少、出汗多、排尿少等有關系；4、包皮因素：如果孩子經常發作，要考慮包皮是否過長或包莖誘發感染。包皮長和包莖的孩子，可能有包皮口紅腫、水腫，有膿性或血性的分泌物，一定要讓其多喝水、多排尿，尿液本身無菌，可以起到非常好的沖刷、治療作用。同時可以用紅霉素眼膏均涂抹在尿道外口、龜頭、包皮、包皮口周圍，可以起到非常好的消炎、止痛作用。也可根據其情況選擇進行包皮環切手術，將多余包皮切除，讓龜頭充分外露，冠狀溝和包皮口周圍方便清潔，不給細菌留下滋生的機會，包皮、龜頭炎就可治愈。