龜頭內口疼痛的常見原因如下：1、尿道炎：患者發生尿道炎時，由于感染性致病菌刺激尿道黏膜，導致黏膜水腫、糜爛，引起黏膜破損，在排尿時可刺激尿道黏膜，出現尿道外口疼痛現象；2、陰莖后尿道結石：由于結石嵌頓在后尿道，出現龜頭內口處尿道黏膜放射性疼痛癥狀。輸尿管下段結石患者，由于結石刺激輸尿管黏膜，引起黏膜痙攣性疼痛，患者會出現局部疼痛癥狀并會向會陰部放射，引起睪丸與陰莖疼痛，部分患者也會出現尿道口疼痛現象。出現龜頭尿道口疼痛癥狀時，應及時到泌尿外科就醫，通過檢測尿道口分泌物明確具體病因。