肛門常見的疾病，通常歸肛腸科治療，部分醫院沒有開展肛腸專科、肛腸科，通常會歸在普外中心，可以到正規醫院的普外科就診。肛腸科常見的疾病，包括痔瘡、肛裂、肛周膿腫和肛瘺，其中肛周疾病還包括結、直腸息肉、腫瘤以及炎癥。若患者出現肛門周圍的異常包塊、肛周反復便血，出現脫出、腫痛、瘙癢、流膿等以前未出現過的情況，或有結、直腸腫瘤家族史，又出現消瘦、乏力等情況，需要到肛腸科就診，做電子結腸鏡，以排除結、直腸的異常情況。若患者出現肛門墜脹、肛門瘙癢、骶尾部的腫脹、不適，也有可能為肛腸科疾病，如肛瘺或藏毛竇，亦要到肛腸科就診。