新生兒牛奶蛋白過敏一旦確診，應立即回避牛奶喂養至少6個月或至9-12月齡，而IgE介導的嚴重速發型過敏反應的患兒需要回避到12-18個月齡。90%的牛奶蛋白過敏患兒可耐受以乳清蛋白或酪蛋白為氮源的深度水解配方奶，但確診牛奶蛋白過敏中約有10%的患兒對于深度水解配方奶仍存在過敏，此時應選擇以氨基酸為氮源的配方奶。氨基酸配方奶可作為嚴重全身過敏反應、嚴重腸病，并發低蛋白血癥或者生長緩慢患兒的首選奶，待激發試驗陰性后患兒才能攝入普通的牛奶制品。