指甲上有坑有多種可能性，具體如下：一、全身性因素：1、營養不良，微量元素、維生素缺乏，尤其是缺鈣、缺鋅、缺乏維生素A等，導致指甲甲母質細胞的功能出現異常，合成甲板蛋白結構發生問題，可能指甲上面有小坑。2、皮膚疾病，比如銀屑病、斑禿等，可能在指甲上出現有特征性多發性頂針狀小坑，稱為頂針甲，有一定特異性；二、局部因素：1、外傷，指甲本身如果受到損傷后形成小坑。2、真菌感染，即甲癬、灰指甲，真菌感染甲板后，早期在指甲上形成小坑或者白色斑點，進一步破壞指甲甲板結構，甚至導致甲板出現毀損，有可能在指甲上形成坑狀改變。