大拇指指甲上有凹陷有多種可能，具體如下：一、局部因素：1、指甲外傷：比如指甲在勞動過程中受到擠壓，可逐漸形成凹陷；2、習慣性行為：還有一些習慣性行為，比如小孩子咬指甲，也可在指甲上形成凹陷；3、指甲感染：特別是真菌感染，即灰指甲，真菌有可能導致指甲甲板上出現病變、凹陷；4、良性腫物或囊腫：有時候甲根部的良性腫物或者囊腫，比如黏液囊腫，壓迫指甲根部也可導致指甲上形成甲板凹陷；還有的指甲根部有尋常疣，疣體在局部壓迫，也可導致指甲上出現凹陷。二、全身因素：1、銀屑病：包括全身性的銀屑病累及到指甲，可以引起指甲上有頂針甲，即一些小的凹陷；2、斑禿、扁平苔蘚：也可導致指甲上出現凹陷；3、系統性疾病：比如嚴重的貧血，或者是有慢性的呼吸系統的慢阻肺等疾病，導致肢端供血、供氧、營養有問題，也可導致指甲變形。此類情況導致的指甲凹陷一般是形成整個的凹陷，稱為勺狀甲或者匙狀甲，使指甲外翻、向上翻起。匙狀甲不光局限于大拇指，可能多個指甲都會出現這種病變。