肛門潰瘍大多數情況與肛周感染有關，自身免疫性疾病也可出現肛周潰瘍，如白塞氏病。對于白塞氏病這類自身免疫系統疾病，要在風濕免疫科進行疾病確診，必要時會服用免疫相關藥物，加快潰瘍愈合。如果肛門的潰瘍由肛周膿腫、肛漏、肛裂等感染性疾病造成，對于這類潰瘍治療，要控制大便狀態，保持大便柔軟、濕潤。可以很好減輕直腸、肛管負擔，減少對局部黏膜與皮膚損傷，對于潰瘍愈合較重要。由于肛漏、肛裂等疾病較難自然愈合，必要時要采用手術，將炎癥部位予以切除，并且配合應用抗生素加快炎癥控制。因此對于肛周潰瘍，如果能夠除外免疫性疾病，大多是由感染疾病造成，通過切開引流、抗生素使用，大多會得到根治。