真菌性外耳道炎理論上可根治，但在治療過程中由于使用藥物的療程長短不同，可能會造成病情反復。 理論上真菌性外耳道炎是由于真菌感染引起的局部皮膚炎癥，因此治療主要為殺滅真菌。殺滅外耳道皮膚的真菌感染主要采取抗真菌藥膏進行局部涂抹，并且需保持局部干燥。如果能做到上述兩點，可以對真菌性外耳道炎起到根治效果。 如果不能長時間堅持用藥，或不按照規律服用藥物，則真菌性外耳道炎非常容易反復，此為難以根治的主要原因。