手指甲會凸凹不平可有多種原因引起，具體如下：1、全身性疾病：包括消化道疾病、營養不良、缺乏維生素或微量元素、嚴重貧血等，均可以影響手指甲根部的甲母質細胞功能，合成出結構異常的甲板蛋白，指甲可出現凸凹不平外觀；2、指甲周邊的皮膚病：也可以影響到甲母質細胞功能，導致指甲凸凹不平，比較常見的是銀屑病或者扁平苔蘚，甲周皮炎、濕疹，甚至感染性甲溝炎等均可以引起指甲凸凹不平；3、指甲局部因素：真菌感染引起灰指甲即甲癬，引起甲癬的真菌通常可以破壞局部甲板蛋白，導致指甲出現凸凹不平、指甲破損；4、其他因素：比如指甲外傷，可以導致指甲凸凹不平。如果指甲長期在水中浸泡或者接觸有機溶劑等，損傷指甲蛋白結構也可以導致手指甲凸凹不平。